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Sono passati molti anni da quando Naota e Haruhara Haruko hanno condiviso la loro avventura insieme. Nel frattempo, la guerra tra le due entità conosciute come Medical Mechanica e Fraternity infuria in tutta la galassia. Entra in scena Hidomi, una giovane adolescente che crede che non ci sia nulla di straordinario da aspettarsi dalla sua vita normale, fino a quando un giorno un nuovo insegnante di nome Haruko arriva nella sua scuola. Ben presto, Medical Mechanica attacca la sua città e Hidomi scopre un segreto dentro di lei che potrebbe salvare tutti, un segreto che solo Haruko può svelare. Ma perché Haruko è tornata sulla Terra? Che fine ha fatto la sua Rickenbacker 4001 che ha lasciato con Naota? E dov'è finito il robot di tipo umano "Canti"?