Panoramica:
Una notte, la quattordicenne Madoka Kaname ha un terribile incubo: sullo sfondo di una città devastata, assiste a una ragazza che combatte una battaglia persa contro un terribile essere che aleggia sopra di lei, mentre una creatura magica simile a un gatto dice a Madoka che l'unico modo per cambiare un esito così tragico è che lei faccia un contratto con lui e diventi una ragazza magica.
Il giorno successivo, il sogno dell'adolescente sembra diventare realtà quando la ragazza che ha visto nel suo sogno - Homura - arriva alla scuola media Mitakihara come studentessa trasferita, avvertendo misteriosamente Madoka di rimanere così com'è; ma quando in seguito lei e la sua migliore amica Sayaka incontrano la stessa creatura magica simile a un gatto del suo sogno - che si presenta come Kyubey - la coppia scopre che le ragazze magiche sono reali e, per di più, possono scegliere di diventarlo. Tutto quello che devono fare è firmare un contratto con Kyubey e accettare di assumersi il compito di combattere esseri astratti chiamati "streghe" che diffondono la disperazione nel mondo umano e, in cambio, ognuno di loro riceverà ogni singolo desiderio che desidera. Tuttavia, come suggerisce il presagio di Homura, potrebbe esserci molto di più nel diventare una ragazza magica di quanto Madoka e Sayaka si rendano conto...
Note:
- A causa del terremoto e dello tsunami del Tōhoku del 2011, le trasmissioni degli episodi 11 e 12 sono state ritardate e sono state successivamente trasmesse come doppio film il 21 aprile 2011.