Panoramica:
La storia si svolge in un futuro prossimo in una città chiamata Heartland. Tsukumo Yuma è un giovane duellante che si sforza di diventare il campione di Duel Monsters, nonostante sia un dilettante. Un giorno, durante un duello con un bullo della scuola, uno spirito misterioso chiamato Astral appare davanti a Yuma e lo aiuta a vincere. Astral spiega quindi a Yuma che sta cercando i suoi ricordi perduti, che sono stati trasformati in 99 carte "Mostro Xyz" chiamate "Numeri" e sono state sparse in tutto il mondo. I "Numeri" hanno la capacità di possedere i duellanti che li possiedono e di far emergere i loro desideri più oscuri. Per recuperare i suoi ricordi e raccogliere le carte "Numeri", Astral si allea con Yuma.
